Органом управления Фонда является Департамент строительства Правительства Москвы, на который возлагается ответственность за целевое и своевременное расходование средств.
Учет поступлений и движение средств Фонда и оформление финансирования инвестиционной программы за счет средств Фонда обеспечиваются соответствующими структурными подразделениями Департамента строительства Правительства Москвы.
Средства Фонда аккумулируются и учитываются на специальном бюджетном счете, открываемом Департаментом строительства Правительства Москвы в одном из банков Москвы по согласованию с Департаментом финансов Правительства Москвы.
Все операции со средствами Фонда осуществляются только путем безналичных расчетов.
Расходование средств Фонда осуществляется по платежным поручениям Департамента строительства Правительства Москвы.