Совет вправе:
устанавливать размеры ввозных и вывозных таможенных пошлин на товары и иные предметы, а также вносить в них изменения;
устанавливать сезонные таможенные пошлины;
устанавливать, изменять и отменять ставки таможенных пошлин на предметы личного пользования;
определять условия возврата таможенных пошлин при вывозе с таможенной территории государств-членов Таможенного союза товаров, ввезенных для сборки, монтажа, переработки или обработки;
освобождать от оплаты таможенных пошлин товары и иные предметы, воплощающие в себе новейшие достижения научно-технического прогресса, не производимые или производимые в недостаточных количествах в государствах-участниках Таможенного союза;
вносить изменения в номенклатуру Общего таможенного тарифа в целях регулирования и защиты объединенного рынка государств-участников Таможенного союза и с учетом международных норм и практики;
устанавливать иные правила в целях более эффективного использования средств регулирования внешнеэкономической деятельности, предусмотренных в законодательствах государств-участников Таможенного союза, и сближения этих средств с международной практикой;
вносить в Правительства Договаривающихся Сторон рекомендации, направляемые на укрепление объединенного рынка государств-участников Таможенного союза, совершенствование системы регулирования внешнеэкономической деятельности государств-участников Таможенного союза, включая вопросы налогообложения, количественного регулирования, режима иностранных инвестиций, а также иные вопросы, связанные с эффективным действием Общего таможенного тарифа;
запрашивать и получать от органов государственного управления, субъектов хозяйственной деятельности и банковских учреждений государств-членов Таможенного союза документы и сведения, необходимые для своей деятельности;
утверждать бюджет для решения вопросов материально-технического, финансового, кадрового, социального и иного обеспечения деятельности Таможенного совета, а также для реализации целевых межгосударственных программ таможенного дела, включая обустройство общих таможенных границ.