Функциями Совета являются:
разработка, рассмотрение и утверждение предложений по основным направлениям таможенной политики государств-участников Таможенного союза, включая Общий таможенный тариф государств-участников Таможенного союза (в дальнейшем - "Общий таможенный тариф"), формируемый на основе Гармонизированной системы описания и кодирования товаров; порядок установления, отмены или изменения ставок таможенных пошлин; предоставление тарифных льгот и преференций; положение о применении таможенных пошлин, включая специальные, антидемпинговые и компенсационные; порядок организации и проведения необходимых процедур, предшествующих принятию решений о применении таможенных пошлин, перечисленных в настоящей статье; изменение номенклатурной части Общего таможенного тарифа;
разработка, рассмотрение и утверждение указаний делегациям Таможенного союза при проведении ими международных переговоров и консультаций по вопросам таможенно-тарифного регулирования и иным вопросам, отнесенным к компетенции Совета, мер по пресечению недобросовестной конкуренции при экспортно-импортных операциях, по противодействию монополизму в сфере внешнеэкономических связей и дискриминационным акциям иностранных государств-участников Таможенного союза;
разработка и рассмотрение проектов актов законодательства Таможенного союза и его международных договоров в части, касающейся таможенно-тарифного регулирования;
изучение всего комплекса вопросов таможенного сотрудничества, которому государства-участники Таможенного союза согласились содействовать, технических аспектов таможенных систем с целью предложения практических средств достижения возможно более высокого уровня их единообразия и согласованности;
разработка и принятие решений, обеспечивающих единообразие в толковании и применении соглашений в области таможенного дела, действующего таможенного законодательства Таможенного союза, включая вопросы номенклатуры для классификации товаров, а также разрешение споров по толкованию и применению документов, упоминаемых в настоящей статье;
обеспечение распространения информации, касающейся таможенно-тарифного регулирования и таможенных процедур, представления правительствам государств-участников Таможенного союза предложений по таможенному делу; сотрудничество с международными организациями по вопросам, входящим в компетенцию Совета.