Целями Совета являются:
обеспечение функционирования Таможенного союза;
выработка и проведение единой таможенной политики, учитывающей интересы субъектов хозяйственной деятельности государств-участников Таможенного союза, который является самостоятельным субъектом международного права;
противодействие монополизму, а также дискриминационным акциям иностранных государств и их союзов;
пресечение недобросовестной конкуренции при осуществлении экспортно-импортных операций;
защита потребительского и промышленного рынков в рамках объединенного рынка государств-участников Таможенного союза;
унификация таможенного законодательства и таможенных процедур в интересах интеграции экономики государств-участников Таможенного союза в мировое хозяйство;
координация взаимодействия таможенных служб государств-участников Таможенного союза;
разработка и реализация конкретных межгосударственных программ развития таможенного дела;
сбор и анализ таможенной статистики Таможенного союза.