Функции рабочего аппарата Совета осуществляются его Секретариатом, формируемым из представителей государств-участников Таможенного союза.
Сотрудники рабочего аппарата Совета обязаны руководствоваться при исполнении своих обязанностей исключительно интересами единого рынка государств-участников Таможенного союза и не вправе придерживаться позиций и соображений какого-либо отдельного государства-участника Таможенного союза, ведомства или организации.