Таможенный совет создает свои исполнительные органы для координации действий национальных таможенных служб и для выполнения функций, определяемых Договаривающимися Сторонами. При необходимости Совет для содействия своей работе формирует специализированные технические комитеты.
Бюджетные средства определяются на эти цели Договаривающимися Сторонами и используются на разработку и реализацию конкретных межгосударственных программ таможенного дела, ведется таможенная статистика Таможенного союза.