На МНТС возлагается выполнение следующих функций:
согласование предложений по направлениям межгосударственного научно-технического сотрудничества;
выбор форм совместной научно-технической деятельности;
представление на утверждение государствам-участникам Содружества, а при наличии полномочий - утверждение документов, предусмотренных Соглашением;
принятие решений о формировании рабочих органов МНТС, утверждение регламента работы и сметы расходов на их содержание.
МНТС осуществляет и другие функции, определяемые Соглашением или дополнительными полномочиями, согласованными с правительствами государств-участников Содружества Независимых Государств.