Основной задачей Совета является координация работы железнодорожного транспорта на межгосударственном уровне и в сообщениях с третьими странами, выработка согласованных условий и принципов работы железнодорожного транспорта для обеспечения функционирования и развития транспортно-экономических связей между государствами - участниками Содружества в рамках единого экономического пространства.
Совет выполняет следующие функции:
1. Согласование концепции об использовании вагонного и контейнерного парков и утверждение методики расчетов нормативов работы подвижного состава и контейнеров в межгосударственном сообщении.
2. Утверждение нормативных документов, регламентирующих организацию перевозочного процесса в межгосударственном сообщении и в сообщениях с третьими странами.
3. Утверждение системы взаиморасчетов между железнодорожными администрациями за выполненные перевозки, использование локомотивного, вагонного, контейнерного парков и их ремонт.
4. Согласование предложений по структуре и объемам поставки железнодорожным администрациям подвижного состава, контейнеров и определение размеров средств на их приобретение для представления правительствам государств - участников Содружества.
5. Утверждение основ отраслевых нормативных документов по безопасности движения поездов и межгосударственных стандартов для обеспечения перевозочного процесса на единых принципах.
6. Принятие согласованных решений по приоритетным направлениям комплексного развития железнодорожного транспорта, научным исследованиям, другим разработкам в этой области и порядка их финансирования для дальнейшей их реализации по планам железнодорожных администраций.
7. Утверждение Технических условий погрузки и крепления грузов, Правил и условий перевозок пассажиров и грузов, в том числе по приему и передаче грузов, форм перевозочных документов, других необходимых документов, регламентирующих взаимоотношения сторон по межгосударственным перевозкам и разграничению ответственности за их нарушение, включая за несохранность перевозимых грузов и багажа.
8. Согласование предложений для предоставления в Совет глав правительств по единым железнодорожным тарифам на перевозку пассажиров, грузов и багажа в межгосударственном сообщении, а также согласование единых международных тарифов на перевозки пассажиров, грузов и багажа по железным дорогам стран Содружества в сообщениях с третьими странами.
9. Утверждение методики и механизмов реализации экономической ответственности за невыполнение нормативов работы локомотивного, вагонного и контейнерного парков, их ремонта, просрочку доставки грузов, несохранность перевозки грузов, багажа, других применяемых нормативов в межгосударственных перевозках и в сообщениях с третьими странами, а также порядка разрешения споров между железнодорожными администрациями.
10. Согласование предложений по структуре, штатному расписанию, смете расходов и порядку финансирования Исполнительного комитета Совета по железнодорожному транспорту и представление на утверждение главам правительств государств - участников Содружества.
11. Назначение на должность и освобождение от должности Председателя Исполнительного комитета Совета по железнодорожному транспорту и заместителей Председателя.
12. Совет может предоставлять Исполнительному комитету Совета по железнодорожному транспорту полномочия на самостоятельное решение отдельных вопросов, относящихся к компетенции Совета.
13. Принятие решения об участии в работе Совета на основании отдельного договора железнодорожных администраций государств, не входящих в Содружество.
14. Совет вправе рассматривать и другие вопросы, возникающие при перевозках пассажиров, грузов и багажа в межгосударственном сообщении и в сообщениях с третьими странами.
15. Совет может выполнять дополнительные функции по поручению Совета глав государств и Совета глав правительств.