Ключевыми проблемами горнодобывающей отрасли являются:
- геологические: исчерпание рентабельных для отработки запасов, вероятностный характер положительных результатов ГРР, ухудшение качественных параметров вновь открываемых месторождений, низкие перспективы открытия новых месторождений многих полезных ископаемых;
- инфраструктурные: размещение многих месторождений и перспективных участков на удаленных территориях с неразвитой энергетической и транспортной инфраструктурой;
- экологические: ограничения, которые накладываются на развитие минерально-сырьевого комплекса из-за его негативного воздействия на окружающую среду;
- конъюнктурные: резкое, часто обвальное снижение мировых цен на минерально-сырьевую продукцию;
- политические: стремление потенциальных покупателей диверсифицировать импорт и найти альтернативных поставщиков, а также экономические санкции и ограничения на торговлю, накладываемые как по политическим, так и по иным мотивам;
- несовершенство отечественной нормативной правовой базы и правоприменительной практики;
- невысокая инвестиционная привлекательность российских недр (низкая степень защищенности частных капиталов, низкий уровень доверия между государством и бизнесом, высокий уровень коррупции и пр.).
Каждое полезное ископаемое формируется в определенной, только ему присущей геологической ситуации, поэтому в мире нет стран, обеспеченных всеми видами минерального сырья. И Россия в этом отношении не является исключением: некоторые полезные ископаемые являются для нас дефицитными, а другие, наоборот, образуют уникальные по масштабу и качеству месторождения. Соответственно, и проблемы, связанные с воспроизводством и использованием минерально-сырьевой базы, для каждого вида минерального сырья будут разные.
Имеющаяся в стране сырьевая база железных руд достаточна для того, чтобы наращивать текущий уровень добычи. Проблемы российской железорудной отрасли связаны с географическим размещением месторождений. Посредственное качество железных руд, а также сложные горно-геологические условия отработки месторождений наиболее богатых руд ограничивают развитие отечественного производства.
Запасы качественного алюминиевого сырья в России ограничены и недостаточны для обеспечения крупной алюминиевой промышленности страны. Российские объекты минерально-сырьевой базы бокситов либо залегают на большой глубине, либо сложены рудами очень низкого качества.
Основные проблемы добычи меди: селективная отработка богатых руд в Норильском рудном районе, выборочная добыча богатых руд ведется уже несколько десятилетий, когда богатые руды закончатся, эксплуатация месторождений может стать нерентабельной; дороговизна и низкая рентабельность отработки Удоканского месторождения в Забайкалье, в котором сосредоточено 22% российских запасов меди страны.
Сырьевая база свинца России является одной из крупнейших в мире, однако ее значительная часть, в том числе большая часть высококачественных свинцовых руд, заключена в одном крупном месторождении - Горевском. Объекты нераспределенного фонда недр существенно уступают осваиваемым и разрабатываемым месторождениям по качеству сырья. Отработка существенной доли российских запасов свинца связана с большими экологическими рисками (месторождение Горевское - под руслом р.Ангара, Холоднинское - в природной территории оз.Байкал).
В границах двух крупнейших колчеданно-полиметаллических месторождений России: Озерное и Холоднинское заключена почти половина российских запасов цинка. Холоднинское месторождение находится в пределах особо охраняемой территории оз.Байкал и разрабатываться, скорее всего, не будет. Стратиформное Павловское месторождение находится на арктических островах, в пределах ядерного полигона и также, скорее всего, не будет разрабатываться.