Финансовое обеспечение проекта ежегодно определяется в ходе формирования федерального бюджета на очередной финансовый год и плановый период, а также отдельными решениями Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации.
В рамках цифровой трансформации отраслей агропромышленного и рыбохозяйственного комплексов Российской Федерации планируется привлечение внебюджетных источников.