Разработка и реализация Концепции базируются на принципах, которые позволяют принимать управленческие решения с учетом обозначенных вызовов и текущей ситуации, а также в состоянии высокой неопределенности и возможного отсутствия данных для принятия таких решений. Такими принципами являются:
принцип концентрации, означающий переход от фронтального движения по широкому спектру вызовов научно-технологического развития страны к приоритизации ограниченных ресурсов на выбранных, в том числе в рамках Концепции, задачах и механизмах их решения;
принцип приоритета поддержки частной инициативы в рамках сотрудничества государства и бизнеса;
принцип разумной конкуренции - поощрение конкуренции производителей инновационной продукции, поощрение конкурирующих технологических решений и коллективов, а также необходимость оказания поддержки на основе конкурентных процедур;
принцип целостности инновационного цикла, предусматривающий в рамках экосистемы технологического развития предоставление и обеспечение "бесшовности" мер поддержки на всех стадиях создания и внедрения технологий от научных исследований и разработок до внедрения в реальный сектор экономики (переход к инновационно ориентированному экономическому росту);
принцип экономической целесообразности технологических разработок, предусматривающей сочетание экономичности (минимизации затрат времени и иных ресурсов на выполнение технологических разработок), продуктивности (экономической эффективности технологических разработок) и результативности (степени достижения конечных целей деятельности). Этот принцип может не применяться для отдельных долгосрочных неокупаемых проектов;
принцип признания права на риск, допускающий возможность недостижения запланированных результатов технологических работ, включая научно-исследовательские работы, при условии отсутствия умысла в таком недостижении.