Автоматический расчет коэффициента программой ЕЦП

Вопрос:

Мы пользуемся программой ЕЦП, в тарифном соглашении есть приложение N 5, оплата стационарной помощи, там есть табличка "Коэффициент сложного пациента". Там есть такой пункт, присваивается коэффициент сложности пациента 06 в том случае, если сопутствующее заболевание орфанное. Есть перечень орфанных заболеваний, сюда входит дефибрилляция трепетания предсердий, но она семейная (генетическая) .

Наши специалисты выбирают заболевание (из пункта "Общие орфанные"), и автоматически программа присваивает коэффициент 06.

Мы сняли после заполнения программы реестр, проверяющие у нас забрали все документы и пишут ответ о том, что мы не правильно определили коэффициент, и на нас наложили штрафы

Мы пишем ответ сейчас о том, что программа сама автоматически определяет коэффициент, просим тогда сделать заполнение коэффициента в ручную. Что там с этим делать?

Может есть рекомендации или опыт других организаций?