Системными проблемами социально-экономического развития Сибирского федерального округа являются:
низкая глубина переработки. Доля ключевых видов промышленного производства, относящихся к высоким переделам (производство пищевых продуктов, текстильных изделий, бумаги, химии и нефтехимии, электроники и электротехники, машин и оборудования, мебели, монтаж оборудования), в общем объеме промышленной продукции Сибирского федерального округа составляет только около 24 процентов (по Российской Федерации порядка 50 процентов);
низкий уровень развития транспортной и логистической инфраструктуры, удаленность ряда регионов Сибирского федерального округа от основных транспортных узлов и рынков сбыта продукции, что способствует повышению транспортных издержек для экспортирующих предприятий и сроков доставки грузов;
уровень денежных доходов населения ниже среднероссийского. В Сибирском федеральном округе наблюдается наибольшая доля населения с денежными доходами ниже величины прожиточного минимума относительно других округов;
низкое качество среды для жизни, в том числе в силу накопленных экологических проблем, связанных с сохранением угольной генерации в качестве основного источника энергетического баланса в регионе, и нерешенных проблем с выбросами в атмосферу загрязняющих веществ ряда производств;
низкое качество городской среды в городах Сибирского федерального округа. Согласно сформированному Министерством строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации индексу качества городской среды 9 субъектов Российской Федерации из 10, входящих в Сибирский федеральный округ, находятся в нижней половине рейтинга (Республика Алтай - 190 баллов, Томская область - 181 балл, Республика Хакасия - 179 баллов, Красноярский край - 177 баллов, Алтайский край - 174 балла, Кемеровская область - Кузбасс -170 баллов, Новосибирская область - 162 балла, Иркутская область - 157 баллов, Омская область - 157 баллов, Республика Тыва - 149 баллов) (средний индекс качества городской среды по Российской Федерации по итогам 2020 года - 184 балла);
сокращение населения (за последние 30 лет население Сибири сократилось на 8,6 процента, или на 1,8 млн. человек);
низкая плотность населения (плотность ниже, чем на близлежащих территориях Китая в 27 раз и Республики Казахстан - в 1,4 раза).
Низкая плотность населения (1,8 человека на 1 кв. километр), неравномерность размещения и изолированность городов являются следствием не только климатических условий, но и экономического уклада Сибирского федерального округа. Относительно низкая трудоемкость производств низких переделов и их привязка к географическому положению ресурсов привели к тому, что города находятся на значительном удалении друг от друга и от административных центров.
На территории Сибирского федерального округа проживает 17 млн. человек, или 11,6 процента населения Российской Федерации. По количеству жителей Сибирский федеральный округ занимает 3-е место среди федеральных округов.
За 2021 год убыль населения составила 114523 человека, в том числе естественная - 127118 человек, миграционный прирост - 12595 человек.
Демографические тенденции в Сибири схожи с Дальним Востоком, но Сибирский федеральный округ характеризуется более низкой рождаемостью (за исключением Республики Тыва и Республики Алтай) и высокой долей населения старше трудоспособного возраста. Ситуация осложняется безработицей, которая в Сибирском федеральном округе выше среднероссийской.
В субъектах Российской Федерации, входящих в состав Сибирского федерального округа, в сфере окружающей среды и экологической безопасности существует ряд следующих проблем:
высокий уровень загрязнения воды и атмосферного воздуха, особенно в крупнейших промышленных центрах;
большое количество производимых отходов, в том числе твердых коммунальных, при недостаточном количестве объектов их размещения и низком уровне переработки и использования отходов в качестве вторичного сырья и энергоносителей;
загрязнение химическими веществами и выбытие земель из оборота в результате хозяйственной деятельности, несоблюдение севооборота культур, отсутствие эффективной системы реабилитации и рекультивации земель.