Насколько существуют выгоды от использования МЗ, настолько же реальны и опасности от его неиспользования. Некоторые из этих опасностей перечислены ниже:
- дублирование усилий и видов деятельности служащими, занятыми в схожих областях;
- непоследовательность (противоречивость) в подходах и понимании политики в схожих областях;
- недостаток осведомленности об общей "картине" происходящего вокруг конкретной проблемы;
- потеря знаний и способностей опытных работников при перемене или оставлении ими места работы;
- низкая эффективность использования имеющегося положительного и инновационного опыта;
- недостаток взаимодействия работников различных организаций государственного сектора, решающих схожие проблемы;
- неточное или несвоевременное предоставление информации широкой общественности;
- неспособность выявления случаев мошенничества.