При проведении клинико-экономического анализа следует стремиться к максимально полному учету всех затрат за фиксированный период времени. Необходимо принимать во внимание, что в тех случаях, когда эффект медицинского вмешательства растягивается во времени, период учета затрат может в несколько раз превышать продолжительность непосредственного лечения. Выбор временного периода для анализа затрат обосновывается в отчете.
Для оценки структуры затрат на лекарства и услуги используются АВС анализ (группа А - 80% затрат; группа В - 15%; группа С - 5%); VEN анализ (V - важные, Е- необходимые, N - второстепенные для изучаемой патологии); анализ частоты применения медицинских вмешательств.