МУ 4.2.2723-10 Лабораторная диагностика сальмонеллезов, обнаружение сальмонелл в пищевых продуктах и объектах окружающей среды

     13.2 Оценка идентичности ДНК микроорганизмов рода Salmonella, выделенных из различных источников

Исследования по оценке идентичности штаммов сальмонелл проводятся в соответствующих референс-центрах, региональных центрах по мониторингу за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней II-IV групп патогенности (в соответствии с приказом Роспотребнадзора от 17.03.2008 N 88 "О мерах по совершенствованию мониторинга за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней") на собственных базах или на базах других организаций, сотрудничающих с ними. При использовании тест-систем для типирования сальмонелл, разрешенных к применению на территории РФ в установленном порядке, допускается их использование на базе лабораторий ФГУЗ "Центров гигиены и эпидемиологии" в субъектах Российской Федерации. Результаты оценки идентичности штаммов должны получать эпидемиологическую интерпретацию только в рамках комплексного эпидемиологического расследования, так как в изолированном виде не могут свидетельствовать о эпидемиологической связи между источниками их выделения, а позволяют лишь исключить наличие такой связи. Для оценки идентичности ДНК микроорганизмов рода Salmonella используются молекулярно-генетические методики, обеспечивающие:

необходимую для исследований разрешающую способность (способность дифференцировки штаммов микроорганизмов, циркулирующих на данной территории);

межлабораторную воспроизводимость результатов исследований, отсутствие субъективизма при интерпретации их результатов

предпочтение должно отдаваться широко используемым в мире методикам, позволяющим провести сопоставление получаемых результатов с международными данными (мультилокусное секвенирование-типирование - MLST и его варианты, амплификация тандемных повторов с переменной копийностыо VNTR и его варианты, электрофорез в пульсирующем поле - PFGE, оценка полиморфизма длины фрагментов амплификации AFLP и др.). Желательно более широкое применение методик, позволяющих провести межлабораторное сравнение получаемых результатов исследования. Не рекомендуется применение методик, обладающих низкой внутри- и межлабораторной воспроизводимостью - например, амплификации со случайными праймерами (RAPD).

При оформлении заключения по результатам оценки идентичности изолятов должна быть представлена следующая информация:

количество, состояние полученных культур микроорганизмов;

краткое описание используемой методики с указанием используемого оборудования и программного обеспечения, при использовании метода прямого секвенирования - размеров и расположения анализируемых участков генома; при использовании методик, результаты которых имеют форму паттернов (VNTR, AFLP, PFGE) - графическое представление полученных результатов.

Организации, ответственные за проведение данных разделов работы, сохраняют образцы клинического материала и ООС, культуры микроорганизмов и результаты исследований в виде первичных материалов (файлы, полученные на детектирующих приборах) до оформления окончательного донесения об очаге инфекционного заболевания с групповой заболеваемостью, а при проведении комиссионной судебной экспертизы в рамках уголовного дела - до истечения срока обжалования решения суда.