Методы биотестирования природных вод имеют ряд общих принципов с методами биотестирования сточных вод, но имеют и существенные особенности:
- необходимость четких стандартных условий и процедуры биотестирования в связи с относительно низкими концентрациями загрязняющих веществ и влиянием естественных физико-химических параметров водной среды;
- использование двух контрольных серий (на дехлорированной водопроводной воде исследуемого региона и на воде фонового створа);
- обязательное наличие данных о параметрах гидрохимического режима водного объекта и использование исследуемой воды с теми же параметрами;
- биотестирование проводят на нефильтрованной воде, при наличии взвешенных частиц - на нефильтрованной и фильтрованной;
- возможность проведения непрерывного биотестирования (без постановки отдельных экспериментов по установлению острого и хронического токсического воздействия, т.е. при отсутствии острого токсического воздействия в кратковременном опыте можно продолжить этот опыт без замены среды и популяций тест-объектов в длительном эксперименте по определению хронического токсического действия).