При оценке в лаборатории было выяснено, что влажность приводит к положительному смещению базовой линии ПИД. Влияние этого смещения может быть сведено к минимуму путем тщательного выбора конечной точки интегрирования и построения базовой линии, используемой для вычисления площадей пиков НМЛОС.
При использовании гелия в качестве газа-носителя выходной сигнал ПИД является практически одинаковым для большинства углеводородов, но он может значительно изменяться в случае органических соединений других классов.