ГОСТ Р 52833-2007
(ИСО 22174:2005)

НАЦИОНАЛЬНЫЙ СТАНДАРТ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Микробиология пищевой продукции и кормов для животных

МЕТОД ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ (ПЦР) ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПАТОГЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ

Общие требования и определения

Microbiology of food and animal feeding stuffs. Polymerase chain reaction (PCR) method for the detection of food-borne pathogens. General requirements and definitions

ОКС  65.120

          67.040  

          67.050

Дата введения 2009-01-01

Предисловие   

1 ПОДГОТОВЛЕН АНО "Тест-Пущино" на основе собственного перевода на русский язык англоязычной версии стандарта, указанного в пункте 4

2 ВНЕСЕН Техническим комитетом по стандартизации ТК 335 "Методы испытаний агропромышленной продукции на безопасность"

3 УТВЕРЖДЕН И ВВЕДЕН В ДЕЙСТВИЕ Приказом Федерального агентства по техническому регулированию и метрологии от 27 декабря 2007 г. N 460-ст**

4 Настоящий стандарт является модифицированным по отношению к международному стандарту ИСО 22174:2005* "Микробиология пищевой продукции и кормов для животных. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) для определения патогенных микроорганизмов. Общие требования и определения" (ISO 22174:2005 "Microbiology of food and animal feeding stuffs - Polymerase chain reaction (PCR) for the detection of food-borne pathogens - General requirements and definitions", IDT).

________________

* Доступ к международным и зарубежным документам, упомянутым в тексте, можно получить, обратившись в Службу поддержки пользователей. - Примечание изготовителя базы данных.

При этом дополнительные положения и требования, включенные в текст стандарта для учета потребностей национальной экономики Российской Федерации и особенностей Российской национальной стандартизации, выделены курсивом*

________________
     * В оригинале документа обозначения и номера стандартов и нормативных документов, отмеченные по тексту документа знаком "**" приводятся обычным шрифтом, остальные - выделены курсивом. - Примечание изготовителя базы данных.

5 ВВЕДЕН ВПЕРВЫЕ

6 ПЕРЕИЗДАНИЕ. Июнь 2020 г.

Правила применения настоящего стандарта установлены в статье 26 Федерального закона от 29 июня 2015 г. N 162-ФЗ "О стандартизации в Российской Федерации". Информация об изменениях к настоящему стандарту публикуется в ежегодном (по состоянию на 1 января текущего года) информационном указателе "Национальные стандарты", а официальный текст изменений и поправок - в ежемесячном информационном указателе "Национальные стандарты". В случае пересмотра (замены) или отмены настоящего стандарта соответствующее уведомление будет опубликовано в ближайшем выпуске ежемесячного информационного указателя "Национальные стандарты". Соответствующая информация, уведомление и тексты размещаются также в информационной системе общего пользования - на официальном сайте Федерального агентства по техническому регулированию и метрологии в сети Интернет (www.gost.ru)

Введение

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) - это быстрый, чувствительный и специфичный метод для обнаружения патогенных микроорганизмов в пищевой продукции и кормах для животных. Несмотря на то, что эта технология появилась относительно недавно, применение методов на основе ПЦР в испытаниях пищевой продукции расширяется с каждым днем.

В целом существующие методики можно разделить на две большие группы, в зависимости от типа нуклеиновых кислот, используемых в качестве мишени амплификации:

- амплификация ДНК, транскрибированной из РНК (ОТ-ПЦР);

- амплификация ДНК (ПЦР).

Разработаны многочисленные вариации обоих типов методов, которые можно охарактеризовать по степени их сложности и автоматизации. Уровень специфичности методов варьирует от скрининга, позволяющего обнаруживать последовательности нуклеиновых кислот, присущие микробиологическому роду, до специфичных методик, идентифицирующих последовательности нуклеиновых кислот, характерные исключительно для индивидуальных штаммов или серотипов.

Настоящий стандарт устанавливает полный список требований к методам на основе ПЦР, используемым для обнаружения микроорганизмов в пробах пищевой продукции. В настоящем стандарте приводятся термины и определения, относящиеся к ПЦР и ОТ-ПЦР.

Настоящий стандарт - это один из стандартов серии под общим заголовком "Микробиология пищевой продукции и кормов для животных. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) для определения патогенных микроорганизмов":

- общие требования и определения (ГОСТ Р ИСО 22174**);

- требования к пробоподготовке для качественного анализа (ИСО 20837) [1];

- требования к амплификации и обнаружению для качественного анализа (ИСО 20838) [2];

- испытание функционирования амплификаторов (ИСО 20836) [3].

     1 Область применения

Настоящий стандарт устанавливает общие требования и определения для амплификации последовательностей нуклеиновых кислот (ДНК и РНК) in vitro. Стандарт может быть применен для испытаний пищевых продуктов, кормов для животных и полученных из них изолятов на наличие патогенных микроорганизмов с использованием полимеразной цепной реакции (далее - ПЦР).

Минимальные требования, установленные в настоящем стандарте, предназначены для обеспечения сопоставимости и воспроизводимости результатов, полученных в разных лабораториях.

     2 Нормативные ссылки

В настоящем стандарте использована нормативная ссылка на следующий стандарт:

ГОСТ Р ИСО/МЭК 17025-2006 Общие требования к компетентности испытательных и калибровочных лабораторий*

________________

* Действует ГОСТ ISO/IEC 17025-2019**.

Примечание - При пользовании настоящим стандартом целесообразно проверить действие ссылочных стандартов в информационной системе общего пользования - на официальном сайте Федерального агентства по техническому регулированию и метрологии в сети Интернет или по ежегодному информационному указателю "Национальные стандарты", который опубликован по состоянию на 1 января текущего года, и по выпускам ежемесячного информационного указателя "Национальные стандарты" за текущий год. Если заменен ссылочный стандарт, на который дана недатированная ссылка, то рекомендуется использовать действующую версию этого стандарта с учетом всех внесенных в данную версию изменений. Если заменен ссылочный стандарт, на который дана датированная ссылка, то рекомендуется использовать версию этого стандарта с указанным выше годом утверждения (принятия). Если после утверждения настоящего стандарта в ссылочный стандарт, на который дана датированная ссылка, внесено изменение, затрагивающее положение, на которое дана ссылка, то это положение рекомендуется применять без учета данного изменения. Если ссылочный стандарт отменен без замены, то положение, в котором дана ссылка на него, рекомендуется применять в части, не затрагивающей эту ссылку.

     3 Термины и определения

В настоящем стандарте применены следующие термины с соответствующими определениями.

    3.1 Общие определения

3.1.1 нуклеиновые кислоты: Макромолекулы, являющиеся носителем генетической информации, или выступающие в качестве посредника при синтезе полипептидной цепи.

Примечание - Существуют два типа нуклеиновых кислот - ДНК и РНК.

3.1.2 дезоксирибонуклеиновая кислота; ДНК: Полимер дезоксирибонуклеотидов, существующий в двухцепочечной (дцДНК) или одноцепочечной (оцДНК) форме.

3.1.3 рибонуклеиновая кислота; РНК: Полимер рибонуклеотидов, существующий в двухцепочечной или одноцепочечной форме.

3.1.4 матрица (материал) пробы: Представленные на испытания продукты, которые могут иметь различия в химическом составе и физическом состоянии.

3.1.5 условия повторяемости: Условия, при которых независимые результаты измерений получают одним и тем же методом, на идентичных объектах испытаний, в одной и той же лаборатории, одним и тем же оператором, с использованием одного и того же оборудования в пределах короткого промежутка времени.

Примечание - Определение к данному термину установлено в ИСО 3534-1 [4].

3.1.6 условия воспроизводимости: Условия, при которых результаты измерений получают одним и тем же методом, на идентичных объектах испытаний, в разных лабораториях, разными операторами, с использованием различного оборудования.

Примечание - Определение к данному термину установлено в ИСО 3534-1 [4].

3.1.7 обнаружение: Определение наличия целевых фрагментов нуклеиновых кислот патогенных микроорганизмов.

3.1.8 предел обнаружения: Минимальное количество или концентрация целевого организма в заданном количестве определенной матрицы, которое может быть достоверно обнаружено в условиях, заданных в применяемом методе.

3.1.9 идентификация: Процесс определения принадлежности изолята патогенного микроорганизма к одному из заданных таксонов.

    3.2 Термины, относящиеся к выделению и очистке ДНК

3.2.1 выделение ДНК: Обработка пробы, высвобождающая целевые нуклеиновые кислоты.

3.2.2 очистка ДНК: Процесс обработки выделенной ДНК, позволяющий повысить ее чистоту.

Примечание - Под чистотой ДНК понимают снижение наблюдаемых и обнаруживаемых эффектов ингибиторов ПЦР в контроле ингибирования ПЦР.

3.2.3 ДНК ПЦР-качества: Матрица ДНК, длина и количество которой достаточны для ПЦР.

3.2.4 РНК ОТ-ПЦР-качества: Матрица РНК, длина и количество которой достаточны для обратной транскрипции и ПЦР.

    3.3 Термины, относящиеся к обратной транскрипции (ОТ) РНК в ДНК

3.3.1 обратная транскрипция; ОТ: Синтез ДНК с матрицы РНК с использованием фермента обратной транскриптазы в сочетании с ОТ-праймером в присутствии дезоксирибонуклеотидтрифосфатов.

3.3.2 обратная транскриптаза: Фермент, катализирующий обратную транскрипцию РНК в ДНК с использованием ОТ-праймеров.

3.3.3 рибонуклеаза: Фермент, разрушающий РНК.

3.3.4 ингибитор рибонуклеазы: Вещество, блокирующее рибонуклеазную активность.

3.3.5 ОТ-праймер: Праймер, используемый в обратной транскрипции.

3.3.6 смесь ОТ: Смесь реагентов, необходимых для обратной транскрипции.

3.3.7 дезоксирибонуклеотидтрифосфаты (dNTP): Раствор, содержащий дезоксиаденозинтрифосфат (дАТФ), дезоксицитозинтрифосфат (дЦТФ), дезоксигуанидинтрифосфат (дГТФ), дезокситимидинтрифосфат (дТТФ) или дезоксиуридинтрифосфат (дУТФ).

    3.4 Термины, относящиеся к амплификации ДНК в ПЦР/ОТ-ПЦР

3.4.1 полимеразная цепная реакция; ПЦР: Ферментативная реакция, позволяющая амплифицировать ДНК in vitro.

3.4.2 ОТ-ПЦР: Метод, состоящий из двух реакций: обратной транскрипции (ОТ) РНК в ДНК и последующей ПЦР.

3.4.3 одностадийная ОТ-ПЦР: Метод, объединяющий в одной реакции обратную транскрипцию (ОТ) РНК в ДНК и ПЦР.

3.4.4 двустадийная ОТ-ПЦР: Метод, состоящий из обратной транскрипции (ОТ) и ПЦР, проводимых в двух отдельных реакциях.

Примечание - Двустадийная ОТ-ПЦР может проводиться последовательно в одной и той же или в двух разных пробирках.

3.4.5 ПЦР-продукт: Фрагмент ДНК, амплифицированный в ПЦР.

3.4.6 обнаружение ПЦР-продукта: Процесс, показывающий наличие ПЦР-продукта.

3.4.7 подтверждение ПЦР-продукта: Процесс, который показывает, что ПЦР-продукт получен из целевой последовательности.

3.4.8 ПЦР-ELISA: Метод обнаружения ПЦР-продуктов в жидкой фазе после их иммобилизации на твердой фазе, например, в лунках микропланшета.

Примечание - Присутствие ПЦР-продукта визуализируется с помощью гибридизации и последующего иммуноферментного обнаружения.

3.4.9 ПЦР с горячим стартом: Активация термостабильной ДНК-полимеразы с помощью этапа прогрева перед основной программой; позволяет избежать неспецифической амплификации.

3.4.10 гнездовая ПЦР: ПЦР, в которой амплифицируется последовательность из продукта первой ПЦР.

3.4.11 мультиплексная ПЦР: ПЦР, в которой используется несколько пар праймеров.

3.4.12 праймер: Олигонуклеотид с определенной длиной и последовательностью, комплементарный фрагменту аналитически значимой последовательности ДНК.

Примечание - Праймеры ограничивают целевую последовательность ДНК.