Окончательный выбор системы, схемы или плана выборочного контроля должен быть основан и на требованиях ситуации, и на ресурсах контролирующей организации.
При выборе системы, схемы или плана выборочного контроля неизбежны компромиссы в достижении удобства, экономии ресурсов и приемлемости рисков. Процесс выбора может таким образом повторяться. Предыдущий опыт может быть полезен в принятии решения при выборе наиболее выгодного плана среди набора подходящих.
Если предварительно выбранный план по какой-либо причине не подходит, например объем выборки является слишком большим, то следует сначала проверить сделанный выбор.
Если план недопустим, то уровни качества и риски выборочного контроля должны быть рассмотрены всеми заинтересованными сторонами. На основе согласования измененных параметров выбирают приемлемую систему, схему или план выборочного контроля.