Анализ макроскопической картины у секционного стола позволяет правильно сориентироваться в предварительном диагнозе и наметить программу дальнейшего исследования.
Многолетний опыт расследования летальных исходов в поствакцинальном периоде показал, что гистологическое исследование взятых органов является основным в определении посмертного диагноза и установлении причин смерти. Поэтому набор материала на гистологическое исследование должен быть как можно более полным и включать также те органы, которые обычно не берут для микроскопического исследования. К ним относятся органы эндокринной системы, системы кроветворения (костный мозг), лимфатические узлы различной локализации, в т.ч. регионарные к месту введения препарата, миндалины, кожа и подкожная клетчатка с прилежащей мышцей в месте введения препарата, все отделы органов пищеварения (желудок, тонкий и толстый кишечник с солитарными фолликулами и групповыми лимфатическими фолликулами (пейеровыми бляшками), червеобразный отросток), главные отделы ЦНС (кора, подкорковые ганглии, ствол мозга), при необходимости - отделы спинного мозга, системы желудочков головного мозга (состояние эпендимы и сосудистых сплетений третьего желудочка, центральной части и нижнего рога бокового, четвертого желудочка). Изучение желудочковой системы головного мозга особенно важно при расследовании случаев, связанных с вакцинацией против кори и паротита для исключения возможности развития специфических для этих инфекций эпендиматитов и плекситов.