В соответствии с действующими законами и нормативными правовыми актами в технологической схеме должны быть предусмотрены технологические и организационно-технические мероприятия, обеспечивающие охрану недр, безопасность людей и природной среды при разбуривании и эксплуатации подземных водоносных горизонтов. Все эти мероприятия выполняются и контролируются с учетом требований Госгортехнадзора России и специально уполномоченных органов в области охраны окружающей природной среды.
При бурении водозаборных скважин охрана недр осуществляется путем предотвращения заколонных и межколонных перетоков, приводящих к утечкам минерализованных вод в залегающие над ними проницаемые пласты и на поверхность с образованием грифонов, зон растепления и просадок земной поверхности в приустьевой части скважин и смятия колонн. Особое внимание уделяется охране пресных, бальнеологических минеральных подземных вод.
В процессе эксплуатации необходимо обеспечить учет добываемой воды и ее непредвиденных потерь, проведение режимных наблюдений, контроль за использованием запасов, динамическим состоянием водоносного пласта и изменением качества воды, проводить мониторинг геологической среды. При возникновении осложнений предпринимаются меры по их устранению, проводятся ремонтно-изоляционные работы, консервация и ликвидация скважин.
Охрана атмосферного воздуха на территории действующего водозаборного сооружения направлена на максимальную утилизацию водорастворенного газа. Обычно в подземных минерализованных водах, используемых для технических нужд, растворен газ преимущественно метанового состава, который должен собираться и сжигаться. В целом же содержание газа в атмосфере на территории водозабора должно контролироваться для недопущения превышения предельных концентраций.
Охрана поверхностных и подземных вод, земель, лесов, животного и растительного мира должна проводиться путем реализации мероприятий по недопущению их загрязнения и истощения при бурении водозаборных скважин и эксплуатации водозабора. Территория после бурения скважин очищается от мусора и нефтепродуктов, утилизируется вода и шлам из шламовых амбаров, проводится рекультивация земельного участка. Водозаборные скважины обваловываются, протечки воды немедленно ликвидируются. Система сбора, подготовки и транспорта воды должна быть герметичной, исключающей попадание подземной минерализованной воды на природные объекты. Для сохранения экологически здоровой озерно-речной системы в водоохранных зонах запрещается всякая хозяйственная деятельность.
При расположении водозабора на территории нефтяного или нефтегазового месторождения, предназначенного для обеспечения водой ППД, охрана недр и окружающей среды должна проводиться комплексно с учетом всех факторов в рамках единой программы, рассматриваемой в ОВОС по основному виду деятельности (технологическая схема разработки нефтяного месторождения).