Программа рассчитана на 6 лет, и ее планируется реализовать в два взаимосвязанных этапа.
На первом этапе (2000-2001 годы) предусматривается определить пути и меры для преодоления неблагоприятной тенденции роста в Российской Федерации количества и масштабов последствий чрезвычайных ситуаций. Особое внимание будет уделено разработке наиболее эффективных мероприятий, обеспечивающих получение результатов в ближайшей перспективе. Предусматривается разработка научных, нормативно-методических, организационных и экономических основ для дальнейшей практической реализации программных мероприятий в полном объеме.
На втором этапе (2002-2005 годы) планируется обеспечить практическую реализацию основных положений Программы. Предусматривается возможность корректировки мероприятий, осуществляемых на этом этапе реализации Программы, на основе анализа полученных на первом этапе результатов и с учетом выделенных объемов финансирования.