После утверждения Программы Правительством Российской Федерации и открытия финансирования из федерального бюджета для реализации ее мероприятий разработчики-исполнители организуют предконтрактную (преддоговорную) проработку размещения заказов для федеральных государственных нужд на конкурсной основе и последующее размещение заказов с заключением договоров на выполнение конкретных пунктов Программы. Государственные заказчики через разработчиков-исполнителей контролируют ход выполнения договорных обязательств непосредственными исполнителями.
С учетом реализации системы программных мероприятий государственные заказчики Программы уточняют объемы необходимых средств для их финансирования в очередном году и представляют проект соответствующей бюджетной заявки с ее обоснованием в Министерство экономики Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации для включения в перечень федеральных целевых программ, принимаемых к финансированию из федерального бюджета на очередной финансовый год.
При необходимости Министерство внутренних дел Российской Федерации вносит предложения в Министерство экономики Российской Федерации, Министерство науки и технологий Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации о продлении срока реализации Программы.