Контроль за реализацией мероприятий программы осуществляет комиссия по делам несовершеннолетних и защите их прав при Губернаторе края путем ежеквартального согласования планов мероприятий по выполнению программы и заслушивания отчетов об их исполнении 1 раз в полгода.
В качестве метода оперативного контроля применяется ежемесячное рассмотрение выполнения программы на совместных заседаниях всех заинтересованных ведомств в администрации края или управлении социальной защиты населения администрации края.
Контроль за целевым расходованием бюджетных средств осуществляет главный распорядитель (управление социальной защиты населения администрации края) и распорядители бюджетных средств (Главное управление образования администрации края, Главное управление внутренних дел администрации края, управление здравоохранения администрации края, комитет по молодежной политике и делам несовершеннолетних администрации края, комитет по физической культуре, спорту и туризму администрации края, управление начального профессионального образования администрации края) путем согласования представляемых смет расходов и отчетов об их исполнении.