Контроль за реализацией государственной программы осуществляет заместитель Губернатора Томской области по строительству и инфраструктуре.
Текущий контроль и мониторинг реализации государственной программы осуществляет Департамент архитектуры и строительства Томской области на основании отчетности, предоставляемой органами местного самоуправления муниципальных образований Томской области, принимающими участие в реализации мероприятий государственной программы.
Органы местного самоуправления муниципальных образований Томской области представляют в печатном и электронном виде ежемесячно (ежеквартально), до 10-го числа месяца (квартала), следующего за отчетным месяцем (кварталом), в Департамент архитектуры и строительства Томской области соответствующую отчетность по состоянию на 1-е число месяца (квартала), следующего за отчетным, об использовании бюджетных средств и достижении значений запланированных показателей федеральной программы и государственной программы.
В свою очередь, банки, принимающие участие в реализации программных мероприятий, представляют ежемесячно, до 5-го числа, в органы местного самоуправления муниципальных образований Томской области информацию по состоянию на 1-е число месяца, следующего за отчетным, о фактах заключения договоров банковского счета с владельцами свидетельств, об отказе в заключении договоров, их расторжении без зачисления средств, предоставляемых в качестве социальной выплаты, и о перечислении средств с банковского счета в счет оплаты приобретаемого жилого помещения (создаваемого объекта индивидуального жилищного строительства).
Департамент архитектуры и строительства Томской области, а также органы местного самоуправления муниципальных образований Томской области в рамках своих полномочий обеспечивают целевое и эффективное использование бюджетных средств.