Организация управления программой осуществляется администрацией Города Томска.
Для осуществления контроля за ходом выполнения программы Мэр Города Томска назначает ответственных за реализацию подпрограмм.
Контроль за выполнением п. 1 статьи 24 Федерального закона от 23.11.2009 № 261-ФЗ «Об энергосбережении и повышении энергетической эффективности и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» возлагается на МБУ «Центр энергосбережения и энергоэффективности».
Ответственные за реализацию подпрограмм направляют информацию о ходе реализации и отчет об ее исполнении в МБУ «Центр энергосбережения и энергоэффективности».
Мониторинг целевых индикаторов Программы выполняется МБУ «Центр энергосбережения и энергоэффективности».