Управление реализацией Программы осуществляет департамент агропромышленного комплекса, охраны окружающей среды и природопользования Ярославской области, который является государственным заказчиком и координатором Программы.
Отчет о ходе реализации Программы готовится всеми структурными подразделениями Администрации области и другими органами власти Ярославской области в соответствии с законодательными и нормативными актами Ярославской области и представляются для обобщения и анализа в департамент экономического развития, инвестиций и международного сотрудничества Администрации Ярославской области.