Общий контроль за ходом реализации Программы возлагается на министерство промышленности и энергетики области. Система организации контроля за исполнением Программы включает координацию функций в пределах полномочий в сфере регулирования отношений недропользования, определенных федеральным законодательством и законодательством области, в рамках геологического изучения, использования и охраны недр, правил ведения государственного учета и отчетности, обеспечения соблюдения пользователями недр установленного порядка пользования недрами.
Организация работ по воспроизводству минерально-сырьевой базы области, ее рациональному использованию и изучению недр осуществляется во взаимодействии с Территориальным агентством по недропользованию по Саратовской области (по согласованию).
В соответствии с федеральным законодательством о недропользовании и Регламентом взаимодействия и сотрудничества между Территориальным агентством по недропользованию по Саратовской области и министерством промышленности и энергетики области министерством промышленности и энергетики области осуществляется:
внесение предложений по изменению и дополнению в лицензии на право пользования участками недр и месторождений, включенных в перечень для утилизации газа;
рассмотрение и согласование проектной и технической документации на обустройство по проектам утилизации газа;
организация в установленном порядке работы по воспроизводству минерально-сырьевой базы, учет работ по геологическому изучению недр, участков недр, предоставленных для целей поисков и разведки углеводородного сырья.
В рамках оперативного контроля на объектах добычи министерством промышленности и энергетики области в соответствии с утвержденным графиком совместных проверок с Управлением Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Саратовской области обеспечивается соблюдение всеми пользователями недр установленного порядка пользования недрами, выполнение согласованных планов и лицензионных обязательств обустройства месторождений и утилизации газа, правил ведения государственного учета и отчетности. По итогам проверок пользователи недр и органы, предоставившие лицензию на пользование недрами уведомляются в письменной форме о результатах проверки, выявленных нарушениях условий пользования недрами, в том числе невыполнения мероприятий настоящей Программы.