Управление программой осуществляет заказчик программы, который ежегодно уточняет затраты по программным мероприятиям, при необходимости вносит изменения и дополнения в действующую программу. Заказчик программы обеспечивает своевременное использование выделенных денежных средств, исполнение мероприятий программы; проводит заседания коллегии Комитета здравоохранения Читинской области и Совета главных врачей, созданных согласно Положению о Комитете здравоохранения Читинской области, утвержденному постановлением Администрации Читинской области от 06.08.2002 № 119-А/п, с заслушиванием докладов о ходе выполнения программы по мере необходимости.
Контроль за ходом выполнения мероприятий программы осуществляют Комитет экономики Читинской области и заместитель Главы Администрации (Губернатора) Читинской области по социальным вопросам в установленном порядке.