Обычно для управления целевыми комплексными программами создаются специальные органы управления. В условиях дефицита финансов, кризиса в агропромышленном комплексе, вряд ли целесообразно это делать. К тому же существующий орган управления в своей основе призван заниматься именно этим же проблемами: реформированием АПК и структурной перестройкой на селе. В случае создания специального органа управления программой невольно произойдет дублирование функций данными двумя органами управления.
Предлагается в рамках реализации рассматриваемой программы перейти к программно-целевому управлению АПК Пермской области. В этой связи Департамент агропромышленного комплекса и продовольствия становится органом управления программой реформирования АПК области и структурной перестройки на селе.
Кроме функций непосредственного управления целевой программой, Департамент агропромышленного комплекса и продовольствия, как структурное подразделение Администрации области, по-прежнему будет выполнять функции и текущего обеспечения функционирования АПК. Учитывая повторяемость и прогнозируемость текущих мероприятий, целесообразно постепенно адаптировать программу к совокупности данных обстоятельств. Как и прежде, Департамент агропромышленного комплекса и продовольствия Пермской области будет осуществлять координацию с Министерством сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации. Линейно-функциональные связи при этом сохраняются. Сложившиеся ранее взаимоотношения с Минсельхозпродом РФ максимально используются для финансового, материально-технического и информационного обеспечения программы.