Механизм реализации программы строится по вертикали, объединяя сверху вниз договорными отношениями орган управления программой, являющийся заказчиком (генподрядчиком), исполнителей работ подрядчиков и исполнителей отдельных этапов работ-субподрядчиков.
Департамент агропромышленного комплекса и продовольствия, как орган управления программой, наделяется финансовыми ресурсами, выделяемыми для выполнения программы и обеспечивая их эффективное использование.
Финансовые средства выделяются департаменту АПК и продовольствия для решения задач и мероприятий Программы в соответствии с ежегодно разрабатываемыми организационными планами.
В основу механизма реализации программы кладется конкурсная договорная система, действующая по принципу подряда. С отработанными на основе конкурса исполнителями департамент АПК и продовольствия заключает контракты,где оговариваются объемы,качество и сроки выполненных работ, а также размеры, формы, сроки, гарантии их оплаты и предоставляемые льготы и ответственность сторон. В контракте определяется также все иные права и обязанности заказчика и исполнителей.
Обязательным элементом механизма реализации программы являются ежеквартальные и годовой финансовые отчеты исполнителей заказчику, порядок и сроки предоставления которых также оговаривается в контракте.
Неотъемлемым элементом механизма реализации программы является социально-экономический мониторинг последствий аграрного реформирования и структурной перестройки на селе. Мониторинг обеспечивает обратную связь с объектами и субъектами реформирования. С помощью мониторинга выявляется реакция последних на реализуемые мероприятия,последствия тех или иных мер, предусмотренных в Программе. На основе поступающей в рамках мониторинга информации производится дифференциальный анализ экономической и социальной ситуации на селе, отношение сельского населения, руководителей, специалистов и работников АПК к узловым вопросам проводимых преобразований.На основе результатов анализа в Программу своевременно вносятся необходимые коррективы.