Контроль за исполнением программы осуществляет министерство экономического развития Астраханской области. Главное управление Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий по Астраханской области как государственный заказчик несет ответственность за своевременное выполнение программы, рациональное использование выделенных бюджетных средств.
Государственный заказчик программы ежеквартально, до 15 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, представляет в министерство экономического развития Астраханской области отчет о ходе реализации программы и эффективности использования бюджетных ассигнований.