Вопрос:
     

Общество с ограниченной ответственностью (далее - Общество) применяет упрощенную систему налогообложения с момента государственной регистрации (5 июня 2006 года). Объектом налогообложения признаются доходы, уменьшенные на величину расходов. С июня 2006 года по октябрь 2010 года Общество арендовало у Администрации города двухэтажное здание на основании договора аренды муниципального имущества. На протяжении данного периода Общество осуществляло платежи по аренде муниципального имущества и перечисляло в Федеральный бюджет НДС, являясь налоговым агентом. Данные платежи (сумма арендной платы и сумма НДС, перечисленная в бюджет) предприятие включало в расходы на основании ст.346_16 НК РФ.

Общество выкупает имущество, находящееся в государственной (муниципальной) собственности в порядке, установленном Федеральным законом от 22.07.2008 N 159-ФЗ.

27 октября 2010 года Общество заключило договор купли-продажи здания с земельным участком с Администрацией города. По настоящему договору Продавец (Администрация города) передает в собственность Покупателя (ООО) двухэтажное здание и земельный участок, необходимый для эксплуатации и обслуживания данного здания, а Покупатель обязуется принять и оплатить данное имущество. Цена имущества установлена в соответствии с рыночной стоимостью имущества на основании отчета независимого оценщика. По договору Покупатель (Общество) оплачивает стоимость имущества без НДС (здание и земельный участок) в рассрочку в форме ежемесячных платежей, рассчитанных равными долями в течение всего срока действия рассрочки, включая проценты на сумму денежных средств предоставляемой рассрочки по Договору согласно графикам погашения платежей, являющихся неотъемлемой частью Договора. Срок рассрочки 7 (семь) лет. На сумму денежных средств, по уплате которой предоставляется рассрочка, производится начисление процентов, исходя из ставки, равной 1/3 ставки рефинансирования ЦБ РФ. Уплата НДС осуществляется Покупателем самостоятельно на счет соответствующего уровня бюджета в соответствии с под.2 п.3 ст.161 НК РФ.

23 ноября 2010 года Общество получило свидетельства о государственной регистрации права собственности на двухэтажное здание и земельный участок. Общество ежемесячно делает 5 (пять) платежных поручений: по погашению основного долга за здание (выкупная стоимость здания), погашению процентов за пользование средствами (здание), погашению основного долга за земельный участок (выкупная стоимость земельного участка), погашению процентов за пользование средствами (земельный участок), сумма НДС, исчисленная на основной платеж по выкупу здания. Платежи по НДС Общество осуществляло до 1 апреля 2011 года, поскольку с 01 апреля 2011 года операции по реализации (передаче) субъектам малого предпринимательства государственного (муниципального) недвижимого имущества не являются объектом налогообложения по НДС.