Секретариат возглавляется руководителем, отобранным из числа лиц, имеющих необходимую квалификацию, и являющимся гражданином одного из государств Сторон. Решение о его назначении принимается Комитетом старших должностных лиц Совета Баренцева/Евроарктического региона после завершения процесса отбора, в котором участвует также Региональный комитет Баренцева регионального совета.