Начисление НДС

Организация арендует административное здание и складские помещения, находящиеся в собственности г.Москвы. Арендодателем по договору выступает Департамент имущества Москвы. Ежегодно к договорам аренды подписываются дополнительные соглашения об изменении условий оплаты аренды. В этих соглашениях арендная плата указывается без НДС, но существует примечание, а с 2006 года - и отдельный пункт, в котором говорится, что НДС арендатор начисляет самостоятельно и перечисляет в соответствующие бюджеты через налоговые органы по месту своей регистрации.

Не означает ли такая формулировка, что сумма налога уплачена в бюджет за счет собственных средств арендатора? Как поступить в данной ситуации, чтобы избежать проблем с налоговым вычетом (обращение в Департамент имущества по поводу изменения формулировки в договоре результатов не дало)?