В соответствии с Федеральным законом от 23 ноября 1995 года N 174-ФЗ "Об экологической экспертизе", постановлением Правительства Российской Федерации от 11 июня 1996 года N 698 "Об утверждении положения о порядке проведения государственной экологической экспертизы" и постановлением Правительства Российской Федерации от 30 июля 2004 года N 401 "О Федеральной службе по экологическому, технологическому и атомному надзору", Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору наделена полномочиями по проведению государственной экологической экспертизы, как орган, входящий в систему органов государственной власти, в рамках выполнения возложенных исключительных полномочий в данной сфере деятельности.

Средства на проведение государственной экологической экспертизы поступают целевым образом на основании выставляемого Службой счета и могут расходоваться исключительно на проведение экологической экспертизы. Счет предусматривает оплату труда внештатных экспертов и начисления на фонд оплаты труда, а также материальные затраты. Накладные расходы не предусматриваются. Учет поступающих средств ведется отдельно по каждой проводимой экспертизе. Неиспользованные средства возвращаются заказчику государственной экологической экспертизы, прибыль отсутствует.