Программа включает в себя семь следующих подпрограмм:
подпрограмма "Развитие приоритетных направлений науки и техники";
подпрограмма "Развитие научно-производственного комплекса наукограда";
подпрограмма "Создание условий для активной инновационной деятельности и содействие коммерциализации проектов";
подпрограмма "Создание условий для привлечения инвестиций, развитие межрегионального и международного сотрудничества";
подпрограмма "Подготовка кадров для поддержки развития наукограда";
подпрограмма "Создание единой информационной среды наукограда";
подпрограмма "Социальное развитие наукограда".