Для выполнения задач и функций Служба имеет право:
38. Участвовать в разработке проектов ненормативных правовых актов РТУ и таможен в части, касающейся Службы.
39. Вносить на рассмотрение руководства РТУ и таможен предложения о совершенствовании служебного применения подразделений Службы, их организационно-штатной структуры и численности, а также о применении мер дисциплинарного воздействия в отношении сотрудников таможенных органов, совершивших неправомерные действия.
40. Участвовать, в пределах своей компетенции, в расследовании происшествий и инцидентов в таможенных органах.
41. Пользоваться в соответствии с установленным порядком средствами связи и информационными системами ГТК России. Создавать и вести собственную базу данных, необходимую для решения задач, возложенных на Службу.
42. Взаимодействовать в пределах своей компетенции с другими правоохранительными органами, органами местного самоуправления и гражданами.