В соответствии с целью и задачами основными направлениями деятельности Координационного совета являются:
- комплексный анализ, прогнозирование тенденций и определение основных путей развития взаимодействия средней и высшей школы в столичном регионе;
- формирование предложений по разработке целевых проектов и программ, способствующих эффективному использованию потенциала взаимодействия системы среднего и высшего образования в Москве; обоснование целей и приоритетов отдельных проектов и программ, координация усилий соответствующих органов, учреждений и организаций в их реализации;
- разработка рекомендаций и предложений по развитию и совершенствованию нормативно-правовой базы, научно-методического обеспечения, финансово-экономической, материально-технической и информационной поддержки взаимодействия средней и высшей школы столицы;
- определение приоритетных направлений научно-исследовательской работы, подготовка предложений о создании временных научно-исследовательских коллективов по различным проблемам совместной деятельности системы среднего и высшего образования в Москве;
- координация работы средней и высшей школы с одаренными и высокомотивированными детьми, по научному творчеству школьников и молодежи, проведению олимпиад, конкурсов с учащимися московских образовательных учреждений;
- подготовка рекомендаций и предложений по обеспечению столицы кадрами различных специальностей с учетом потребностей города, его административных округов, по повышению их квалификации и научного уровня;
- формирование предложений правительству Москвы при подготовке ежегодных проектов городского бюджета о необходимых средствах для оказания всесторонней поддержки взаимодействующих систем среднего и высшего образования в столичном регионе;
- анализ окружных и муниципальных проектов и программ по использованию потенциала взаимодействия среднего и высшего образования и выработка соответствующих рекомендаций;
- обеспечение своевременного обмена информацией, способствующей созданию единого межведомственного информационного пространства по проблемам взаимодействия систем среднего и высшего образования в Москве;
- организация симпозиумов, конференций, семинаров, круглых столов и других мероприятий по проблемам взаимодействия средней и высшей школы, изучение и обобщение опыта работы в этом направлении;
- ежегодная подготовка предложений по квотированию мест в вузах Москвы для реализации договоров и соглашений правительства Москвы.
- обеспечение взаимосвязи с научными организациями по проблемам взаимодействия системы среднего и высшего образования, а также с общественными организациями по вопросам сотрудничества средней и высшей школы как важного фактора осуществляемой в Москве молодежной политики.