Состав Коллегии, кроме лиц, входящих в ее состав по должности, утверждается распоряжением Правительства Республики Саха (Якутия) по представлению руководителя.
В состав Коллегии входят руководитель, его заместители (по должности), руководители отдельных структурных подразделений Департамента, а также иные лица.
Председателем Коллегии является руководитель, который руководит деятельностью Коллегии и организует ее работу. В случае его отсутствия функции председательствующего выполняет заместитель руководителя.
Из состава Коллегии избирается (или назначается) ответственный секретарь коллегии.