1. Главным распорядителем средств Фонда является Правительство Республики Алтай. Оперативное управление Фондом осуществляет Министерство экономики Республики Алтай и Министерство финансов Республики Алтай.
2. Главный распорядитель средств Фонда утверждает Реестр финансирования приоритетных направлений развития Республики Алтай, формируемый на конкурсной основе Министерством экономики Республики Алтай и Инвестиционной комиссией Республики Алтай в установленном порядке.