Реализация программы обеспечивается организацией постоянного контроля Департаментом здравоохранения и Областным центром госсанэпиднадзора, проведением оценки хода выполнения программы при обязательной реализации соответствующих городских, районных программ, местных органов исполнительной власти.
Координирование работы по выполнению областной и территориальных программ осуществляется санитарно противоэпидемическими комиссиями при органах исполнительной власти с применением ею прав в соответствии с утвержденным Правительством РФ Положением об этих комиссиях.