Какова процедура перезаключения трудового договора с руководителем организации?

Вопрос:

Что делать, если пропустили срок переизбрания генерального директора?

Мы всегда увольняли и заключали новый трудовой договор, делали запись в трудовую книжку каждые 3 года. Теперь понимаем, что трудовой договор считается пролонгированным на постоянный срок, но это противоречит уставу. Есть ли какой-то выход? Может, можно составить протокол о продлении срока на пару месяцев и уволить?