Взыскание с подрядчика излишне уплаченных денежных средств в случае установления уполномоченными контрольными органами фактов недовыполнения работ и/или завышения их стоимости

Вопрос:

По результатам аудиторской проверки у Заказчика выявлено несоответствие поставленного товара, выполненной работы условиям контракта. В акты выполненных работ включены затраты, фактически не понесенные подрядчиком. Для устранения выявленных нарушений Заказчику необходимо принять меры к возмещению суммы выявленных нарушений в бюджет города Москвы.

Каков порядок действий Заказчика в этой ситуации? Заказчик направил в адрес подрядчика претензию. В ЕАИСТ 2.0 и ЕИС контракт в статусе "Исполнение завершено".

Нужно ли Заказчику в исполненный контракт через указанные системы вносить изменения?

Насколько правомерно взыскание указанной суммы, ведь срок его действия истек еще в 2017 году?