В соответствии с п.1 ч.2 ст.3 Федерального закона от 29.12.2006 N 255-ФЗ при нахождении работника на больничном ему выплачивается пособие по временной нетрудоспособности:
- за первые три дня временной нетрудоспособности за счет средств страхователя,
- за остальной период - начиная с 4-го дня временной нетрудоспособности за счет средств бюджета Фонда социального страхования Российской Федерации.
То есть работодатель оплачивает сам первые три дня болезни, а остальные возмещает ФСС РФ. Это касается всех страхователей, в том числе и тех, кто работает на "упрощенке".
Порядок расчета больничного не зависит от системы налогообложения, он рассчитывается из среднего заработка сотрудника.