Предусматриваются назначение руководителя Программы, организация консультативного совета при нем, проведение систематического мониторинга и независимой комплексной оценки ее выполнения.
Основные направления и отдельные разделы Программы подлежат ежегодной корректировке с учетом эпидемиологической, экологической, ветеринарной и фитосанитарной обстановки в республике.
Формы и методы организации управления по реализации Программы определяются Министерством здравоохранения Чувашской Республики, Главным управлением ветеринарии при Кабинете Министров Чувашской Республики, Министерством сельского хозяйства и продовольствия Чувашской Республики и Центром государственного санитарно - эпидемиологического надзора в Чувашской Республике. Текущее управление осуществляется консультативным советом.