Государственным заказчиком, возглавляющим управление реализацией Программы, является Министерство труда и социальной защиты населения Республики Саха (Якутия). Оперативное управление Программой (исполнительские функции) осуществляет Управление охраны труда и госэкспертизы условий труда Министерства труда и социальной защиты населения Республики Саха (Якутия).
Финансирование Программы за счет средств республиканского бюджета осуществляется исходя из бюджетной заявки на финансовый год, представленной государственным заказчиком, с учетом возможностей бюджета, потребностей Программы и необходимости продолжения ранее начатых работ.
Объемы бюджетного финансирования конкретных работ в рамках Программы определяются государственными контрактами (договорами), заключаемыми Министерством труда и социальной защиты населения Республики Саха (Якутия) с организациями-исполнителями в установленном порядке.
Министерство труда и социальной защиты населения Республики Саха (Якутия) заключает также государственный контракт с Фондом государственного социального страхования Республики Саха (Якутия), подтверждающий объем и сроки финансирования Фондом мероприятий, и сообщает об этом в Министерство финансов Республики Саха (Якутия) и Министерство экономики и прогнозирования Республики Саха (Якутия). Государственный контракт является основным документом, определяющим права и обязанности сторон по финансовому обеспечению и выполнению заданий Программы.
Министерство труда и социальной защиты населения представляет в Министерство экономики и прогнозирования и Министерство финансов информацию о ходе работ по Программе и об эффективности использования финансовых средств.
Отчеты о ходе выполнения Программы заслушиваются на заседаниях Межведомственной комиссии по охране труда, республиканской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.