5.1. Департамент возглавляет директор департамента, назначаемый на должность и освобождаемый от должности правовым актом Губернатора автономного округа, по представлению заместителя Губернатора автономного округа, курирующего соответствующую сферу.
5.2. Директор Департамента несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Департамент полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности.
5.3. Директор Департамента имеет заместителей, один из которых - первый заместитель директора Департамента – исполняет обязанности директора Департамента при его временном отсутствии. Заместитель директора Департамента непосредственно руководит одним из управлений Департамента.
Первый заместитель директора Департамента осуществляет свою деятельность на освобождённой основе, назначается на должность и освобождается от должности правовым актом Губернатора автономного округа по представлению директора Департамента, согласованному с заместителем Губернатора автономного округа, курирующим соответствующую сферу.
Заместители директора Департамента назначаются на должность и освобождаются от должности директором Департамента.
5.4. Правовые акты и документы (приказы о заключении служебных контрактов на определённый срок, служебные контракты на определённый срок, командировочные удостоверения, иные документы) по вопросам осуществления трудовых отношений с директором Департамента и первым заместителем директора Департамента от имени представителя нанимателя подписывает руководитель аппарата Губернатора автономного округа.
5.5. Директор Департамента осуществляет следующие полномочия по организации и обеспечению деятельности Департамента:
5.5.1. Руководит деятельностью Департамента на основе единоначалия.
5.5.2. Действует без доверенности от имени Департамента, представляет его интересы в государственных органах, органах местного самоуправления и организациях в автономном округе.
5.5.3. Выдаёт доверенности, подписывает платёжные и иные документы, формирующиеся в процессе деятельности Департамента, заключает договоры и соглашения в пределах своей компетенции.
5.5.4. Распоряжается средствами, выделенными Департаменту, в пределах своей компетенции, управляет имуществом, закреплённым за Департаментом на праве оперативного управления в соответствии с федеральным законодательством.
5.5.5. Вносит в установленном порядке на рассмотрение Губернатору и заместителям Губернатора автономного округа проекты нормативных правовых актов по вопросам, входящим в компетенцию Департамента.
5.5.6. Участвует в заседаниях органов, образуемых Губернатором автономного округа и его заместителями, при рассмотрении вопросов, относящихся к компетенции Департамента.
5.5.7. Обеспечивает в пределах своей компетенции выполнение поручений Губернатора и заместителя Губернатора автономного округа, курирующего деятельность Департамента.
5.5.8. Издаёт приказы нормативного и ненормативного характера в соответствии с действующим законодательством, даёт поручения в пределах своей компетенции, обязательные для исполнения государственными гражданскими служащими Департамента, а также в порядке ведомственной подчинённости государственными предприятиями, учреждениями и иными организациями, подведомственными Департаменту.
5.5.9. Привлекает к работе в необходимых случаях сотрудников других исполнительных органов государственной власти автономного округа по согласованию с их руководителями, специалистов иных организаций.
5.5.10. Определяет функции и направления деятельности управлений и отделов Департамента, организует их работу и эффективное взаимодействие.
5.5.11. Утверждает положения об управлениях и отделах Департамента.
5.5.12. Определяет обязанности государственных гражданских служащих Департамента и утверждает должностные регламенты и должностные инструкции иных работников.
5.5.13. Назначает и освобождает от должности государственных гражданских служащих и обслуживающий персонал Департамента в пределах своей компетенции.
5.5.14. Решает вопросы подготовки и повышения квалификации кадров, осуществляет мероприятия по улучшению условий труда, отдыха и быта государственных гражданских служащих Департамента и иных работников.
5.5.15. Награждает работников Департамента почётными грамотами и благодарностями Департамента.
5.5.16. Осуществляет иные полномочия в соответствии с федеральным законодательством и законодательством автономного округа.
5.6. В период отсутствия директора Департамента его обязанности возлагаются на первого заместителя, а в случае его отсутствия - на заместителя директора Департамента.
5.7. По решению директора Департамента при Департаменте могут образовываться постоянные консультативно-совещательные органы (коллегия Департамента, советы и т.д.), а также временные рабочие группы и комиссии для обсуждения вопросов, относящихся к компетенции Департамента.