Реализация Программы осуществляется Министерством сельского хозяйства Республики Алтай на основании Соглашения от 15 февраля 2008 года N 87/17 между Министерством сельского хозяйства Российской Федерации и Правительством Республики Алтай о реализации мероприятий Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2008-2012 годы, распоряжения Правительства Республики Алтай от 16 января 2008 года N 8-р "Об уполномоченном органе исполнительной власти Республики Алтай на взаимодействие с Министерством сельского хозяйства Российской Федерации".
Реализация мероприятий Программы осуществляется на основе заключения соглашений о реализации мероприятий Программы между Министерством сельского хозяйства Республики Алтай с муниципальными образованиями Республики Алтай, а также соглашений с конкретными участниками и исполнителями мероприятий Программы о комплексном участии в Программе, которые предусматривают предоставление всех видов государственной поддержки, эффективное использование средств федерального и республиканского бюджетов и обязательства участников программы достичь определенных показателей производства сельскохозяйственной продукции, с целью достижения конечных результатов, предусмотренных в настоящей Программе.
Порядок предоставления субсидий из федерального бюджета устанавливается Правительством Российской Федерации, порядок предоставления государственной поддержки из республиканского бюджета Республики Алтай определяется Правительством Республики Алтай в соответствии с федеральным законодательством и законодательством Республики Алтай.
Министерство сельского хозяйства Республики Алтай в случае необходимости в установленном порядке подготавливает предложения по уточнению перечня программных мероприятий на очередной финансовый год, уточняет затраты по программным мероприятиям.